慢性肾盂肾炎的症状可因病情轻重而异，小儿（偶尔成人）患者可出现慢性细菌性肾盂肾炎的急性发作。发热仅见于急性发作期，无急性发作的患者可能无症状。当慢性肾盂肾炎进入晚期且累及双侧肾脏时，可出现高血压、贫血和氮质血症的相关症状。
除非慢性肾盂肾炎有急性感染发作，否则难以发现特异性体征。晚期患者血压可增高。
实验室检查：在无急性感染发作或氮质血症的情况下，血液检查通常正常。尿液分析结果取决于是否有活动性感染和肾损害的严重程度，仅在部分病例中可发现脓尿和菌尿。
无急性肾盂肾炎的症状（发热和腰痛）存在时，鉴别上尿路及下尿路感染常很困难。慢性肾盂肾炎患者在排泄性尿路造影中有典型的肾脏瘢痕，而下尿路感染患者的肾脏正常。
然而有肾脏瘢痕病人的尿培养有时无细菌生长，只表现为下尿路感染的症状。排泄性尿路造影正常的患者也有时出现发热，腰痛或其他上尿路感染的症状。
因此，这时除非进行侵入性检查，否则，下尿路感染（女性尿道综合征和膀胱炎，男性细菌性前列腺炎和膀胱炎）和上尿路感染之间的鉴别相当困难。
慢性肾盂肾炎还须与其他原因引起的慢性肾小管间质性肾脏疾病相鉴别，特别是镇痛剂性肾病。作鉴别时还须考虑肾结核之可能，尿涂片及培养发现有分枝杆菌以及尿路造影发现有典型的肾结核表现时可资鉴别。
尿路造影发现有慢性肾盂肾炎改变者，有时还需进一步作肾脏核素扫描、血管造影或CT扫描等检查与肾脏肿瘤相鉴别。
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